Mustafa Güden 1967 yılında Ankara’nın Polatlı ilçesinde doğdu. Polatlı Endüstri Meslek Lisesi Elektrik Bölümü’nden 1984 yılında mezun oldu. Orta Doğu Teknik Üniversitesi Metalürji Mühendisliği Bölümü’nden 1992 yılında Lisans; 1998 yılında Yüksek Lisans derecelerini aldı. University of Delaware Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Bölümü'nden 1998 yılında Doktora derecesini aldı. İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü (İYTE) Makine Mühendisliği Bölümü öğretim üyesi olan Prof. Dr. Güden University of Delaware Center for Composite Materials'da ziyaretçi araştırmacı ve Kazakh-British Technical University’de ziyaretçi bilim adamı olarak görev yaptı. İYTE Malzeme Araştırma Merkezi Müdürlüğü, İzmir İli Teknopark Yürütme Kurulu Üyeliği ve Mühendislik Fakültesi Yönetim Kurulu Üyeliği gibi görevler alan Prof. Dr. Güden halen Kasım 2010 itibari ile atanmış olduğu İYTE Rektörlüğü görevini sürdürmektedir. Science Citation Index’in taradığı uluslararası dergilerde çoğunluğu İYTE'de yapılan çalışmalardan kaynaklanan 74, diğer endeksli dergilerde 15, ulusal ve uluslararası konferanslarda ise 75 bilimsel yayını vardır. Prof. Dr. Mustafa Parlar Eğitim ve Araştırma Vakfı Yüksek Lisans Tezi, Hüsamettin Tuğaç Vakfı Araştırma, TÜBİTAK Teşvik ve Elginkan Vakfı Teknoloji Ödüllerini alan Prof. Güden İzmir Teknoloji Geliştirme Bölgesi Yönetim Kurulu Başkanlığı, TÜBİTAK Teknoloji Transfer Mekanizmaları Destekleme Grubu (TEMEG) Yürütme Kurulu Üyeliği,  YÖK Üniversite Sanayi İşbirliği Komisyon Üyeliği ve Türk-Rus Toplumsal Forumu Eğitim Bilim Komitesi Üyeliği görevlerini sürdürmektedir. Defence Technology Dergisi yayın kurulu üyesi olan Dr. Güden evli ve bir kız çocuğu babasıdır.